Im ersten Schritt wählt man bei „Copy“ das Laufwerk aus, das dupliziert werden soll, und stellt bei „to“ das Ziellaufwerk ein. Dies kann ein Volume auf einer internen oder auf einer externen Festplatte sein. Im Aufklappmenü bei „Using“ muss „Backup – all files“ ausgewählt sein, damit Super Duper alle Dateien kopiert.

Nun klickt man auf „Options“ und wählt im Aufklappmenü bei „During copy“ die Kopiereinstellungen aus. Damit der Klon immer identisch mit dem Original ist, das Programm aber nicht jedes Mal alle Dateien kopiert, sondern nur die neuen und geänderten, nimmt man die Einstellung „Smart Update [Ziel] from [Quelle]“. Auf dem Quelllaufwerk gelöschte Dateien werden auch auf dem Ziellaufwerk gelöscht. Nimmt man stattdessen „Erase [Ziel], then copy files form [Quelle]“, überträgt Super Duper bei jedem Kopiervorgang alle Daten.