Dateien aller Art kann Good Reader verwalten und öffnen - auch Multimedidateien und Videos. Interessant ist das Tool etwa als PDF-Verwalter, der auch Anmerkungen unterstützt. Der in das iPhone integrierte PDF-Reader kann nur PDF mit einer bestimmten Größe anzeigen. Auch sehr große PDFs mit mehreren hundert MB Größe öffnet dagegen der Good Reader fast augenblicklich. Man kann Kapitel über eine Kapitelübersicht öffnen, zu bestimmten Seiten springen oder eine Suchfunktion nutzen. Für das Übertragen der Dateien ist ein Serverprogramm integriert, auch der Datentausch mit iTunes, Dropbox oder anderen Datendiensten ist möglich. Nützliche Zusatzfunktionen wie FTP-Zugriff, Google Docs oder Nutzung von E-Mail Dateianhängen sind in der Grundversion allerdings nicht enthalten und müssen dazugekauft werden. Die neue Version kann PDF-Dateien um Kommentare ergänzen. Man kann etwa Text farbig markieren und Pfeile, Kreise und Kästen ergänzen. Die Anmerkungen werden in der PDF-Datei gespeichert, wahlweise auch in einer neuen PDF-Datei gesichert.