Um die eigene PDF-Sammlung übersichtlicher zu machen und um schnell auf wichtige PDF-Dateien zugreifen zu können, setzt man den Organizer ein. Man ruft ihn über "Datei > Organizer > Organizer öffnen" auf. Das Fenster bietet über die linke Spalte unter "Verlauf" den Zugriff auf zuletzt geöffnete PDF-Dateien sowie in der Abteilung darunter auf alle aktiven Volumes und die bevorzugten Speicherorte. PDFs werden im rechten Teil des Fensters aber nur dann angezeigt, wenn sie sich direkt im jeweiligen Verzeichnis befinden. Man muss sich gegebenenfalls durch die Ordnerhierarchie klicken, um zum gewünschten Verzeichnis zu gelangen. Klickt man auf ein Dreieck mit gedrückter Wahltaste, öffnet Acrobat auch alle Unterordner beziehungsweise schließt sie wieder. Sinnvoll ist es, die bevorzugten Speicherorte zu bearbeiten, um direkt auf Ordner mit wichtigen PDF-Dateien zugreifen zu können. Dazu fügt man über das Kontextmenü neue Ordner hinzu oder löscht vorhandene. Außerdem kann man wichtige PDF-Dateien zu Sammlungen zusammenstellen, indem man das Kontextmenü einer Sammlung öffnet und "Dateien hinzufügen" aufruft. Über das Menü lassen sich auch Sammlungen anlegen, umbenennen oder löschen. Ein weiterer Vorteil einer Sammlung ist, dass man auf ihre Inhalte über "Datei > Organizer" direkt zugreifen kann.
Mit Acrobat lassen sich, ein kompatibler Scanner vorausgesetzt, gedruckte Vorlagen in ein PDF umwandeln. Besonders interessant wird die Funktion dadurch, dass man über die in Acrobat eingebaute Texterkennung (OCR) das Dokument durchsuchbar machen kann. Zum Scannen ruft man "Datei > PDF erstellen > Über den Scanner" auf und stellt bei "Scanner" das Gerät ein. Die Texterkennung wird mit "Durchsuchbar machen (OCR ausführen)" aktiviert. Anschließend klickt man auf "Optionen", wählt die Sprache aus und hat die Wahl, das Dokument entweder als durchsuchbares Bild zu speichern oder als formatierten Text mit Grafiken (Letzteres bezeichnet Acrobat 9 als "ClearScan"). Empfehlenswert ist das durchsuchbare Bild, weil dann das PDF der Vorlage entspricht, während beim formatierten Text Acrobat versucht, das Original nachzubauen, meist jedoch mit gutem Ergebnis. Beim durchsuchbaren Bild kann man entweder die Auflösung angeben (diese sollte nicht zu niedrig sein, um die Texterkennung nicht zu beeinträchtigen) oder "Exakt" wählen. Bei dieser Option wird das Original von Acrobat nicht bearbeitet. Auch wenn man ein durchsuchbares Bild als Option gewählt hat, lässt sich der Text im PDF markieren und in die Zwischenablage kopieren.
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