Laut Golem.de hat die Länderkammer ein entsprechendes Papier verabschiedet, obwohl der Mittelstand Bedenken geäußert hatte. In dem Positionspapier fordert der Bundesrat, dass bei Patentstreitigkeiten in erster Instanz die nationalen Patengerichte entscheiden sollen. Nach Informationen von Golem hatte die Interessensvertretung patentfrei.de den Länderchefs geraten, die Bedenken gegen das EPLA ernst zu nehmen.
Die Kritiker halten das Übereinkommen für nicht vereinbar mit dem Gemeinschaftsrecht und fürchten, dass das EPLA zu Softwarepatenten führen könnte.