Time Machine sichert automatisch jede Stunde. Nach Ablauf von 24 Stunden fasst das Programm die stündlichen Backups zu einem Tages-Backup zusammen. Nach einem Monat kombiniert Time Machine die täglichen Backups zu wöchentlichen Sicherungen. Wenn die Festplatte zu voll wird, löscht Time Machine das älteste Backup.
Nach dem ersten Sicherungsdurchgang erfasst das Programm nur noch die Dateien, die sich geändert haben oder neu hinzugekommen sind. Alte Versionen werden nicht überschrieben. Auf dem Sicherungsmedium sind die Backups in Ordnern zusammengestellt und mit Datum und Uhrzeit gekennzeichnet. Jede dieser Sicherungen erscheint für den Anwender als vollständiges Backup, umfasst also alle zu diesem Zeitpunkt auf dem Mac vorhandenen Dateien, auch wenn sie nur ein einziges Mal auf der Backup-Platte vorhanden sind.