Tatsächlich, der VIP-Ordner kann manchmal einfach so verschwinden. Selbst wenn man Mail beendet und wieder neu startet, kommt er nicht zurück. Erst nach einem Neustart des kompletten Mac ist er wieder da.
Ganz genau ist das Problem noch nicht geklärt, aber es hängt mit einem Google-Account zusammen. Der VIP-Order ist ein so genannter “intelligenter Ordner” (so etwas kann man auch selber anlegen), der allerdings fest in Mail vorgegeben ist. Befindet sich unter den eingerichteten Mail-Accounts auch ein Google-Zugang (POP oder IMAP), verschwindet der VIP-Ordner manchmal. Mit OS X 10.9.2 ist das Phänomen seltener geworden, laut Nutzerbreichten aber noch nicht ganz abgestellt.
Bis Apple den Fehler behebt, kann man sich dadurch behelfen, den Google-Account zu deaktvieren. Löschen muss man ihn nicht, es reicht in den Account-Einstellungen den Haken vor der Option “Diesen Account aktiviert” auszuschalten. Der VIP-Ordner sollte nun nicht mehr verschwinden.